专利侵权案件的被告应当提供如下主要证据：
1、用以证明实际损失以及专利的使用费的相关证据，例如，行为人以及受害人侵权前后订单、进货单等凭据，进行对比；
2、用以证明侵权所得的相关证据，例如，行为人侵权前后纳税数额、订单等材料。
【法律依据】
2021年6月1日生效的《中华人民共和国专利法》第六十六条
专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明。
专利侵权纠纷涉及实用新型专利或者外观设计专利的，人民法院或者管理专利工作的部门可以要求专利权人或者利害关系人出具由国务院专利行政部门对相关实用新型或者外观设计进行检索、分析和评价后作出的专利权评价报告，作为审理、处理专利侵权纠纷的证据；专利权人、利害关系人或者被控侵权人也可以主动出具专利权评价报告。
第六十七条
在专利侵权纠纷中，被控侵权人有证据证明其实施的技术或者设计属于现有技术或者现有设计的，不构成侵犯专利权。