申请人可以使用英语、法语和德语3种官方语言之一向欧洲专利局(EuropeanPatentOffice，EPO)提出申请。EPO会对与申请的专利性有关的现有技术文件进行检索，当申请人接到检索报告(从2005年开始欧洲专利局推出“加强的欧洲检索”-即在申请日后6个月后与检索报告一起出具一份关于专利性的简短书面意见)时，通常需要根据检索结果来评估其发明的专利性和获得核准的可能。EPO于优先权日(申请日)起18个月会公开专利申请。申请人应在申请同时或在EPO的检索报告公布日起6个月内提出实质审查请求。提出实审请求的同时，需从EPO成员国中指定具体成员国，并缴纳实审费和指定费。在提出实审后1-3年内会收到EPO的审查意见。
当审查被通过后，欧洲专利局将发出核准通知。申请人同意进入领证阶段时，需付领证费并递交专利申请范围的其它两种语言的译文。同时申请人就必须决定在指定国名单中选择生效国，通知EPO该专利要在哪些国家生效。确定生效国后，需要将此欧洲专利的全部内容翻译成该国的语言提交给该生效国，以便此欧洲专利在该国生效。一般成员国要求在核准公告起3个月内完成翻译工作并在各国生效。在不同国家生效的工作完成后，申请人即拥有不同国家的专利，他们相互独立，每年各生效国都需缴纳年费。
申请欧盟专利时，只要交纳7个国家的指定费，就可以将专利申请指定到所有欧盟国家，但是如果想在各个国家得到保护，还必须在各个国家办理证书手续，重要的是还需要翻译为各个国家接受的语言，比如在德国必须用德语。
申请欧盟专利的费用是非常昂贵的，基本的申请费加检索费是1170欧元，实质审查费是1490欧元，加上7个国家的指定费560欧元，那么申请一个欧洲专利需要花费的官费就将近3000欧元，而国外专利律师的代理费还没有计算，再加上国内代理费，大约需要5-6万元人民币。
适用于所有指定缔约国内的欧盟专利异议程序是无效欧盟专利的唯一机会，如果丧失该机会，必须在不同的缔约国内提起单独的国内无效诉讼。
欧盟专利在授权后9个月内可以提起异议，官费635欧元。德国专利在授权后3个月内可以提起异议，官费200欧元。
专利的无效费用是相当高昂的，在德国无效一个专利的官费在2万欧元。而实用新型没有异议程序，其无效费用较低，仅需要300欧元。
综上所述，在相应的时间内提起专利异议的费用较低。通过这样加大成本的方式，使专利无效的提起相对困难，也保障了专利质量。